Hygienické zázemí v lesní školce upravuje vyhláška 160/2024 Sb. v § 11, kde se výslovně říká: “V bezprostřední blízkosti zázemí lesní mateřské školy nebo v zázemí lesní mateřské školy musí být umístěno hygienické zařízení se záchodem a umyvadlem s tekoucí pitnou vodou, vybavené prostředky pro hygienické mytí a hygienické osušení rukou a toaletním papírem.”
Nejjednodušším řešením toalet stále zůstávají splachovací toalety. Ty však vyžadují stavbu, což je problém. Málokterá lesní školka má však svou základnu například ve skautské základně, nebo ekocentru. Toalety v lesních školkách jsou tak nejčastěji řešeny separačními kompostovacími toaletami, ve kterých dochází k oddělení tekuté a pevné složky. Tekutá složka odtéká do zásobníku/ejektortanku. Pevná složka je shromažďována v druhém zásobníku a pravidelně zasypávána (druhy zásypového materiálu záleží na druhu konkrétní toalety a doporučení výrobce). Po naplnění zásobníku dochází k fázi kompostování v zásobníku. Zásobník je uložen mimo toalety na místě nepřístupném dětem po dobu uvedenou výrobcem (cca v řádu měsíců až roku). Zásobník musí být vyroben tak, aby byl po celou dobu této fáze kompostování zamezen přístup hmyzu k nezkompostovanému obsahu a zamezeno odtoku tekutin do podloží.
Existují i jiné druhy toalet, například sběrné toalety. To jsou toalety, ve kterých nedochází k oddělení tekuté a tuhé složky. Někteří výrobci doporučují používat zásypový materiál, což napomáhá zamezení přístupu hmyzu a šíření zápachu. Do zásobníku je vkládán plastový pytel. Výsledný obsah zásobníku však není kompostovatelný a to ani za předpokladu použití pytlů z rozložitelných plastů. Obsah pytlů se dle zákona o odpadech řadí mezi kaly a je třeba jej předat k likvidaci výhradně osobě oprávněné k nakládání s tímto druhem odpadů (technické služby atp.). Kompostárny tento druh odpadů nesmí přijímat. Sběrné toalety jsou pro použití v lesních školkách problematické, protože je složité sehnat sběrné místo.
Latrýny jsou v principu díry v zemi, které se po naplnění zavápní (hygienizace). Nejsou vhodné pro dlouhodobé použití a při nedokonalém provedení zvyšují riziko kontaminace vod a šíření nemocí. Tyto toalety nejsou pro užití v lesních školkách vhodné.
Spalovací toalety jsou toalety, které vyžadují připojení na elektrický proud. S použitím v lesních MŠ prozatím nejsou žádné zkušenosti.
Mytí rukou je nedílnou součástí výchovně vzdělávacího procesu, jak jej definuje Rámcový vzdělávací program pro předškolní vzdělávání, výchozí dokument ministerstva školství a tělovýchovy, závazný pro všechny mateřské školy v ČR.
Přípojka na vodu není v řadě lesních školek k dispozici a o to méně to platí pro tekoucí teplou vodu. Teplou vodu na mytí rukou proto řada lesních školek zajišťuje pomocí várnic s výtokovým kohoutem. Právě tekoucí voda je jednou z podmínek provozu lesní MŠ ukotvená v tzv. hygienické vyhlášce 160/2024 Sb. Druhou, související podmínkou je, že voda musí mít kvalitu pitné vody dle zákona o ochraně veřejného zdraví 258/2000 Sb. Způsob zajištění pitné vody (vodovodním řadem nebo dovozem v barelech) tedy není rozhodující, určující je vždy její kvalita . Děti si myjí ruce minimálně před každým jídlem a vždy po použití toalety.
Nezbytnou součástí hygieny je osušení rukou. Má-li školka dostatek prostoru, může mít každé dítě místo na vlastní ručník. Pokud je třeba šetřit místem, poslouží jednorázové papírové ručníky. V terénu se osvědčily také vlhčené ubrousky a bezoplachové desinfekce.